Le logiciel ijGranulometry est un plugin pour ImageJ qui permet d'analyser la texture d'images en niveaux de gris en utilisant des outils de morphologie mathématique. Il propose des fonctionnalités similaires au logiciel granuloMorphoGui développé sous Matlab.

Présentation

L'idée de la granulométrie par morphologie mathématique est d'appliquer à l'image des filtres définis par un élément structurant de forme donnée, et dont la taille varie. En mesurant les variations de l'image entre deux tailles de filtres, on construit des courbes qui informent sur la distribution de taille en niveaux de gris des structures observées.

En appliquant des ouvertures  de taille croissante, on fait disparaître des structures claires de plus en plus grandes. De manière similaire, en appliquant des fermetures morphologiques de taille croissante, les structures sombres disparaissent progressivement. On réalise ainsi un tamisage de l'images, en séparant les structures de l'image en fonction de leur taille.

On mesure la différence entre deux images en calculant la somme des niveaux de gris de chaque image. La courbe de la somme des niveaux de gris augmente ou diminue de manière monotone, et finit par atteindre un plateau. La dérivée de cette courbe correspond à une distribution des tailles des structures de l'image.

Installation et utilisation

Le plugin ijGranulometry se présente sous la forme d'un fichier jar disponible en téléchargement. Son utilisation nécessite la bibliothèque MorphoLibJ. Les deux plugins doivent être copiés dans le répertoire "plugins" de ImageJ, et le logiciel redémarré.

Un manuel d'utilisation est disponible, qui détaille les fonctionnalités et l'utilisation du plugin. Les sources du plugin sont aussi disponibles sur la page du projet.

Références

Si vous utilisez le logiciel, merci de bien vouloir mentionner une des publications ci-dessous :

Devaux, M.F. & Legland, D. (2014) Grey level granulometry for histological image analysis of plant tissues, in Microscopy: advances in scientific research and education, Méndez-Vilas, A. (Ed.), Formatex Research Center, 681-688 (html) (pdf)

Legland, D.; Devaux, M.-F.; Bouchet, B.; Guillon, F. & Lahaye, M. (2012) Cartography of cell morphology in tomato pericarp at the fruit scale. J. Miscrosc., 247, 78-93

Devaux, M.-F.; Bouchet, B.; Legland, D.; Guillon, F. & Lahaye, M. (2008) Macro-vision and grey level granulometry for quantification of tomato pericarp structure. Postharvest Biol. Technol. 47, 199-209.

Vous trouverez des informations plus détaillée dans cet article paru dans les cahiers techniques de l'INRA :

Devaux, M.-F.; Sire, A. & Papineau, P. (2009) Macrovision et analyse granulométrique en niveaux de gris pour l'analyse histologique de tissus végétaux. Cahiers Techniques de l'INRA, numéro spécial imagerie, 93-100 (fichier pdf)

Voir aussi

• MorphoLibJ, qui implémente les opérations morphologiques nécessaires au calcul des courbes
• Logiciel granulomorphogui pour Matlab