GranuloMorphoGui

Granulomorphogui est une interface graphique permettant de calculer, sur des collections d'images, des courbes granulométriques obtenues par morphologie mathématique en niveaux de gris.

Description

Les caractéristiques de la méthodes sont :

• l'utilisation de la morphologie mathématique, qui repose sur un cadre théorique solidement établi
• L'obtention de courbes granulométriques, obtenues en faisant varier la taille des éléments structurants utilisés
• l'application à des images en niveaux de gris, ce qui évite de devoir segmenter les images au préalable
• l'application du même traitement à une collection d'images, ce qui permet de faciliter le traitement statistique des données
• Les différentes étapes de la méthode ont été intégrées dans une interface graphique développée sous Matlab, ce qui permet leur utilisation en routine par un personnel non expert.

Téléchargement et installation

Pour pouvoir utiliser le programme granuloMorphoGui :

• télécharger et décompresser l'archive granuloMorpho.zip (version du 07 avril 2016)
• lancer Matlab et se placer dans le répertoire créé
• lancer le programme "setupGranulo.m" (les dépendances des chemins de fichier sont mises à jour)
• lancer le programme "granulomorphogui", qui ouvre l'interface graphique principale

Utilisation

La figure suivante montre un exemple du programme granulomorphogui en cours d'utilisation.

Les différentes étapes de l'utilisation du logiciel sont les suivantes :

1. Sélection du répertoire contenant les images à traiter. La liste des images à traiter s'affiche à droite.
2. Sélection optionnelle des régions d'intérêt (des images binaires de même taille que les images correspondantes)
3. Sélection du nom de fichier résultat
4. Calibration spatiale (optionnelle) des images, en donnant la taille en unité métriques de l'image
5. Sélection du type d'analyse
6. Sélection des éléments structurants à utiliser
7. Choix de la taille maximale d'élément structurant, et éventuellement du pas (exemple : pou une taille max de 30 et un pas de 5, les tailles 0, 5, 10, 15, 20, 25 et 30 seront considérées)
8. Affichage éventuel des étapes intérmédiaires (plus lent, mais permet de vérifier le résultat)
9. Quand toutes les options sont sélectionnées, cliquer sur le bouton "Démarrer"

Pour chaque image, les courbes granulométriques sont calculées en appliquant la ou les opérations sélectionnées, avec les éléments structurants de différentes tailles. Le résultat est stocké dans le fichier spécifié à l'étape 3. Un fichier additionnel avec le suffixe <fichier>.cg1.txt contient les courbes dérivées, plus facilement intérprétables. L'ensemble des opérations effectuées est synthétisé dans un fichier "trace.txt".

Informations générales

Auteurs : Marie-Françoise Devaux (auteure principale), David Legland (maintenance)

Plateforme : Matlab (interface graphique), testé sous Windows et Linux

Licence : LGPL

Support : David Legland (david[dot]legland (at) inra[dot]fr)

Références

Si vous utilisez le logiciel, merci de bien vouloir mentionner une des publications ci-dessous :

Devaux, M.F. & Legland, D. (2014) Grey level granulometry for histological image analysis of plant tissues, in Microscopy: advances in scientific research and education, Méndez-Vilas, A. (Ed.), Formatex Research Center, 681-688 (html) (pdf)

Legland, D.; Devaux, M.F.; Bouchet, B.; Guillon, F. & Lahaye, M. (2012) Cartography of cell morphology in tomato pericarp at the fruit scale. J. Miscrosc. 247:78-93.

Devaux, M.-F.; Bouchet, B.; Legland, D.; Guillon, F. & Lahaye, M. (2008) Macro-vision and grey level granulometry for quantification of tomato pericarp structure Postharvest Biol. Technol. 47, 199-209

Devaux, M. F.; Robert, P.; Melcion, J. P. & Le Deschault de Monredon, F. (1997) Partical size analysis of bulk powders using mathematical morphology Powder Technology, 90, 141-147

Vous trouverez des informations plus détaillée dans cet article paru dans les cahiers techniques de l'INRA :

Devaux, M.-F.; Sire, A. & Papineau, P. (2009) Macrovision et analyse granulométrique en niveaux de gris pour l'analyse histologique de tissus végétaux. Cahiers Techniques de l'INRA, numéro spécial imagerie, 93-100 (fichier pdf)