Logiciels pour le traitement d'images

Plusieurs logiciels de traitement et d'analyse d'images sont disponibles en téléchargement sur le site de la plateforme. Ils sont classés selon le type de traitement.

Filtrage et segmentation

Cette section regroupe des logiciels de traitement et d'analyse d'images. Ils peuvent être sous forme de ligne de commande ou bénéficier d'une interface graphique.

• MorphoLibJ, un plugin pour ImageJ pour calculer les filtres classiques de la morphologie mathématique (dilatation, ouverture, chapeau haut-de-forme...), et qui fournit une interface graphique pour segmenter des images 2D/3D à l'aide de la ligne de partage des eaux.
• MatImage : une collection de fonctions Matlab pour filtrer les images, aider la segmentation, ou générer rapidement des images de test. Certains modules son aussi distribués séparement : 'imGeodesics', 'imFeretDiameters', 'slicer'.
• Telemos Toolbox : fonctions Matlab pour le traitement, la correction, et l'analyse des images de fluorescence acquises sur le microscope TELEMOS de la ligne DISCO du synchrotron SOLEIL
• guiDirFilter : interface graphique Matlab pour appliquer des outils de filtrage directionnel à une image ou à une collection d'images

Analyse d'images

Ces logiciels permettent d'extraire des paramètres quantitatifs à partir d'images binaires ou en niveaux de gris.

• granuloMorphoGui : interface graphique sous Matlab pour extraire des courbes granulométriques à partir d'images en niveaux de gris.
• ijGranulometry : un portage de l'application granuloMorphoGui pour pouvoir l'utiliser directement sous ImageJ. Nécessite le plugin Fast_Morphology.
• imMinkowski : un ensemble de fonctions Matlab pour calculer des paramètres géométriques tels que la surface, le périmètre, ou la caractéristique d'Euler-Poincaré, dans des images binaires 2D ou 3D, de manière globale ou locale (calcul de la contribution de chaque pixel ou voxel).
• imGeodesics (pour Matlab) et ijGeodesics (pour ImageJ), permettent de calculer des fonctions distance dans des images binaires planes, ainsi que la longueur géodésique de particules.
• imFeretDiameters : ensemble de fonctions sous Matlab pour calculer des diamètres de Féret, des facteurs de forme, et des boîtes englobantes orientées.

Images 3D

Cette section regroupe des outils pour manipuler des images en 3 dimensions.

• Free-D : un logiciel de reconstruction 3D, qui génère des modèles graphiques 3D de structures identifiées et délimitées sur des piles d'images 2D.
• Slicer : interface graphique pour Matlab permettant de naviguer dans les différents plans d'une image 3D, et quelques fonctions pour charger et sauvegarder des piles d'images 3D.

Calculs géométriques

Quelques outils de modélisation géométrique sont présentés ici, soit pour ajuster des modèles sur des images segmentées, soit pour effecteur des calculs sur des objets extraits des images.

• MatGeom : bibliothèque de calculs géométriques sous Matlab. Permet de créer et combiner des formes de bases, afin de tester ou valider des algorithmes de traitement d'images.

Analyse de données

Une sélection de quelques outils permettant de faciliter la manipulation et l'analyse des tableaux de données.

• acpgui : interface graphique pour Matlab permettant d'appliquer une analyse en composantes principales à un tableau de données.
• divutils : une collection d'utilitaires sous Matlab pour faciliter la manipulation, la lecture et la sauvegarde des tableaux de données.
• SAISIR : paquetage de fonctions en ligne de commande pour Matlab ou Octave, qui peut être utilisé pour des travaux de recherches ou de routine en chimiométrie