Cette page regroupe quelques liens vers des outils commerciaux et libres permettant de faire du traitement d'images. 

Logiciels commerciaux spécialisés

Ces logiciels nécessitent l'achat d'une licence, mais fournissent un support technique et parfois scientifique.

• Visilog (VSG) : un des plus anciens, assez riche. Utilise Amira/Avizo pour la visualisation.
• Aphélion (Adcis) : un peu plus orienté morphologie mathématique, et semble plus performant pour le traitement des images 3D
• Amira (VSG) : spécialisé dans la visualisation d'images médicales 3D.
• Avizo (VSG) : équivalent de Amira, mais pour des images non médicales. Il peut être utilisé en complément de Visilog.

Logiciels généralistes

Ces logiciels ne sont pas spécialisés pour l'analyse d'images, mais fournissent des boîtes à outils qui le sont.

• Matlab (The Mathworks) : offre une boîte à outils 'Image Processing' assez performante. Pour la visualisation des images 3D, un guide de la visualisation 3D sous Matlab est disponible.
• Scilab est une alternative gratuite à Matlab, quoiqu'un peu moins répandue. Il existe une boîte à outils Scilab Image Processing, mais elle ne semble pas aussi fournie que celle de Matlab.
• Python : c'est à l'origine un langage de programmation, mais son utilisation le rend très proche de Matlab ou Scilab. On trouve une boîte à outil Python Imaging Library, et on peut l'utiliser comme langage de script pour ITK.

Logiciels graphiques gratuits

Pour des traitements simples on n'a pas toujours besoin d'un logiciel perfectionné, et des outils gratuits et performants existent.

• ImageJ : le logiciel gratuit de traitement d'images le plus abouti. De nombreux plugins sont téléchargeables sur le site du logiciel ou sur des pages personnelles de chercheurs.
• Fiji : suite logicielle qui intègre ImageJ, une grande collection de plugins, et un système de mise à jour automatique des différentes dépendances. Fiji signifie littéralement "Fiji Is Just ImageJ"...
• IrfanView (windows) : permet de visualiser rapidement ses images et d'appliquer des traitements simples. Des équivalents existent sous Linux (gthumb, gqview).
• XNview : ce logiciel gratuit permet de faire du traitement d'images par lot. C'est particulièrement utile pour reformater rapidement les images d'une collection.

Logiciels de scripting

Certains logiciels consistent en un ensemble de programmes exécutables depuis une ligne de commande.

• Image Magick : un ensemble de fonctions en ligne de commande pour des traitements et manipulations simples (crop, conversion, resize...).
• Pandore : une bilbiothèque de programmes exécutables accompagné d'un environnement de développement en C++, qui propose de nombreux algorithmes de traitement et segmentation.

Logiciels spécifiques à un type d'acquisition

Certains domaines nécessitent des outils spécialisés pour des traitements plus particuliers. On peut donc s'intéresser à des logiciels plus spécifiques.

• WSxM, pour (Windows Scanning Force/Tunnel... Microscopy) est un logiciel spécialisé dans le traitement des images de microscopie à force atomique. Pour Windows, gratuit.

Bibliothèques de programmation

Si les logiciels clé en main ne suffisent plus, les bibliothèques permettent de simplifier le travail de programmation.

• ITK (Insight Toolkit) (Kitware) : ITK est la référence en matière de bibliothèque de traitement d'images. Elle est codée en C++ et utilise massivement les templates, mais des interfaces avec d'autres langages de programmation (Python, Java, Tcl) sont disponibles.
• DIPlib : bibliothèque écrite en C pour le traitement d'images. Elle possède une interface très souple pour s'interfacer avec Matlab, ce qui permet d'améliorer l'ergonomie du traitement.