Slicer est une interface graphique pour Matlab pour naviguer dans les différents plans d'une image 3D. Elle permet de charger et sauver des piles d'images en différents formats, de zoomer et se déplacer dans la pile d'images, et d'appliquer quelques transformations géométriques élémentaires (rotations, retournements).

Présentation

Matlab ne propose pas d'interface graphique pour représenter les images en 3D. Cette application tente de pallier ce manque, en permettant une exploration rapide de volumes de données en 3D. L'affichage est en 2D, il n'y a pas de rendu volumique ou surfacique. Cela dit, cela permet quand même d'explorer rapidement une image 3D.

Téléchargement

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• Slicer(version du 01/03/2019)

Installation et utilisation

Une fois que l'achive est dézippée, il faut la rendre visible par Matlab (Alller dans le menu File->Set Path...)et ajouter le répertoire "stacks").

Pour l'utiliser, on charge une pile d'image par la commande readstack :

% charge une image 3D
img = readstack('image3d.tif');
% charge toutes les coupes 'slice000.tif', 'slice001.tif'...
img2 = readstack('slice000.tif'); 
% charge uniquement les coupes de 50 a 100
img3 = readstack('slice###.tif', 50:100);

On lance ensuite l'application "Slicer" avec l'image chargée comme argument :

Slicer(img);

La visualisation se fait ensuite de manière intuitive, en cliquant sur les différents boutons de zoom, ou en agissant sur les barres de défilement.

Fonctions utilitaires

Outre l'interface graphique "Slicer", de nombreuses fonctions sont accessibles dans le répertoire "imStacks" :

orthoSlices : Affiche trois coupes orthogonales d'un volume 3D

showXSlice, showYSlice, showZSlice : Affiche une coupe dans le volume image selon un des plans principaux

readstack Charge en mémoire un volume 3D représentant une pile d'images. La fonction gère les tif multi-page, les séries d'image TIF, les données brutes...

savestack Sauve un volume 3D sous un fichier tif multi-page, ou plusieurs fichiers tif

metaImageRead,metaImageWrite : Charge et sauve le format de fichier metaimage, utilisé par VTK et le logiciel ElastiX (format ".mhd")

stackSize,isColorStack : Utilitaires pour calculer des informations sur le volume d'image de manière à fonctionner sur des volumes en niveaux de gris ou en couleur

stackSlice : Extrait une coupe dans le volume, en suivant les directions principales, et en utilisant une syntaxe qui se veut intuitive

rotateStack90 : Applique une rotation d'image 3D de 90 degrés autour d'un des axes principaux

Informations générales

• Nom : Slicer
• Auteur : David Legland (david.legland (at) inra.fr)
• Type : Matlab (application graphique)
• Licence : BSD
• Numéro APP : IDDN.FR.001.350008.001.R.P.2010.000.21000